Σε άμεση προτεραιότητα για έλεγχο θέτει με νέα απόφασή του ο Διοικητής της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων, τις φορολογικές υποθέσεις οι οποίες δεν μεταφέρθηκαν στην νέα ελεγκτική δομή εισαγγελικών ερευνών αλλά παρέμειναν στην ΑΑΔΕ. 
Κατά προτεραιότητα θα ελεγχθούν επίσης, με βάση την ίδια απόφαση, οι υποθέσεις που προκύπτουν από διασταυρώσεις ενδοκοινοτικών συναλλαγών.

Ειδικότερα, σύμφωνα με την απόφαση, αλλάζουν οι χρόνοι και οι ΔΟΥ καλούνται να ολοκληρώνουν άμεσα κατά προτεραιότητα τους έλεγχους για:

-Υποθέσεις που προέκυψαν από εισαγγελικές παραγγελίες, εντολές ανακριτικών και προανακριτικών πράξεων, περιλαμβανομένων αιτημάτων και εντολών διενέργειας φορολογικών ελέγχων που έχουν προκύψει από εντολή οποιασδήποτε Εισαγγελικής ή Δικαστικής Αρχής και διατηρούνται στην Α.Α.Δ.Ε. βάσει των διατάξεων του άρθρου 389 του ν. 4512/2018 (Α' 5).

-Υποθέσεις που αφορούν σε διασταυρωτικούς ελέγχους ενδοκοινοτικών συναλλαγών (VIES), υποθέσεις πολυμερών (ταυτόχρονων) ελέγχων που διενεργούνται από ελληνικές και αλλοδαπές φορολογικές αρχές, υποθέσεις διενέργειας ελέγχου στο πλαίσιο επανάληψης διαδικασίας καθώς και σε εκτέλεση προδικαστικής απόφασης, υποθέσεις που αφορούν σε επιβολή προστίμων, υποθέσεις του άρθρου 1 περίπτωση 12Α υποπερίπτωση 2δ της με αριθμ. Δ.ΟΡΓ.Α 1115805 ΕΞ 2017/31-7-2017 (Β' 2743) απόφασης του Διοικητή Α.Α.Δ.Ε., όπως ισχύει, και υποθέσεις που αφορούν σε ανακλήσεις αδειών λειτουργίας γραφείων ή υποκαταστημάτων αλλοδαπών εταιρειών που έχουν εγκατασταθεί στην Ελλάδα με βάση τις διατάξεις του άρθρου 25 του ν. 27/1975 (Α'77).